《細胞》2020.7.23

堿基編輯器效果好不好

機器學習模型能預測

雖然堿基編輯器被廣泛用于基因靶向點突變，但至今為止，我們對于堿基編輯器編輯效果的決定因素有哪些并不十分了解。美國哈佛大學劉如謙團隊利用11個最受歡迎的堿基編輯器，對哺乳動物細胞中約3.8萬個基因位點進行編輯的數(shù)據(jù)，創(chuàng)建了能精準預測堿基編輯器基因編輯效果的機器學習模型BE-Hive。研究人員發(fā)現(xiàn)，通過對3388個疾病相關單核苷酸突變的編輯的驗證，發(fā)現(xiàn)BE-Hive預測準確率高達90%以上，甚至準確預測出哪些等位基因不會被編輯。研究人員還利用BE-Hive模型，發(fā)現(xiàn)了某些堿基編輯器的“怪癖”——比如之前一般是將堿基C（胞嘧啶）變?yōu)門（胸腺嘧啶）的常規(guī)路線，有時會將堿基C變?yōu)镚（鳥嘌呤）或A（腺嘌呤），從而未來可以設計全新的堿基編輯工具，改進堿基編輯器的基因編輯能力。?

《科學·轉(zhuǎn)化醫(yī)學》2020.7.22

治療動脈粥樣硬化

巨噬細胞暗藏作用靶點

動脈粥樣硬化病變中的巨噬細胞能促進炎癥和斑塊的形成，但因缺乏對相關機制的深入了解，研發(fā)靶向巨噬細胞的藥物一直是心血管領域的一大空白。美國哈佛大學醫(yī)學院教授施進軍（音譯）在最新研究中發(fā)現(xiàn)，鈣調(diào)素依賴性蛋白激酶γ（CaMKIIγ）可作為巨噬細胞的一個靶點，用一種小干擾RNA（siRNA）納米顆粒靶向作用于它，可抑制動脈粥樣硬化。他們用小鼠動脈粥樣硬化模型進行實驗發(fā)現(xiàn)，siRNA納米顆粒靶向巨噬細胞，可促進斑塊穩(wěn)定，減少壞死面積，增加纖維帽厚度。這項研究表明，斑塊巨噬細胞中促進動脈粥樣硬化的基因可以作為siRNA納米粒子的作用靶點，從而為治療動脈粥樣硬化的藥物研發(fā)提供了新的研究方向。

《科學·信號》2020.7.21

科學家揭示口腔細菌

引發(fā)結(jié)直腸癌的機制

具核梭桿菌是一種常見的口腔細菌，此前有研究表明，這種細菌能直接侵入結(jié)直腸腫瘤，但關于這種細菌如何導致癌癥仍然存在疑問。近日，美國弗吉尼亞理工大學科學家丹尼爾·斯萊德和同事，揭示了具核梭桿菌導致結(jié)直腸癌的機制。他們采用一種改良的半乳糖激酶無標記基因缺失方法發(fā)現(xiàn)，具核梭桿菌通過Fap2蛋白與癌細胞表面的糖類結(jié)合，以粘附并侵入癌細胞，進而刺激癌細胞釋放能誘導癌細胞擴散的細胞因子IL-8和CXCL1。具核梭桿菌還能吸附并感染中性粒細胞和巨噬細胞，引起額外的促癌蛋白釋放。研究人員表示，通過接種疫苗或用半乳糖苷化合物來抑制細菌與宿主細胞的結(jié)合，可能是一種減少細菌感染導致結(jié)直腸癌轉(zhuǎn)移的有效策略。